Polnischer Klarinettist und Dirigent. Absolvierte summa cum laude von der Karol Lipiński Music Academy in Wrocław und erhielt eine weitere postgraduale Ausbildung bei Guy Dangain am Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris. Er studierte Dirigieren an der University of Southern California in Los Angeles bei Larry Livingston und John Barnett.

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Bokun erhielt ein Stipendium der American Academy of Conducting in Aspen, wo er bei David Zinman, Jorma Panula und David Robertson studierte. Im Jahr 2012 erhielt er seine Habilitation von Karol Lipiński Academy of Music in Wrocław. Er hatte Meisterkurse bei bedeutenden Künstlern wie Sergiu Celibidache, Michael Stern, Jerzy Salwarowski, Philippe Cuper, Guy Deplus, Walter Boeykens, Michael Collins, Béla Kovács, James Levine und Kurt Masur besucht.

Jan Jakub Bokun war Gewinner von Wettbewerben in Wrocław, Włoszakowice, Białystok, Enschede und Mt. Pleasant. Er erhielt den Preis der Stiftung für Polnische Kultur sowie Stipendien vom Minister für Kultur und Kunst, dem Jan Adolf Górecki-Stipendium und der französischen Regierung. Er hat zahlreiche Auftritte in Europa, den USA, den Vereinigten Arabischen Emiraten und Südostasien absolviert. Er vertrat Polen auf dem Klarinettenkongress Clarinetfest (in Ostende, Stockholm, Tokio, Lincoln und Assisi).

1999 lud Krystian Zimerman ihn ein, mit dem Polish Festival Orchestra in der Salle Pleyel in Paris, dem Concertgebouw in Amsterdam und der Carnegie Hall in New York aufzutreten und für die Deutsche Grammophon aufzunehmen. Als Solist und Dirigent konzertiert er regelmäßig mit renommierten Orchestern in Polen und der Tschechischen Republik. Als Klarinettist und Dirigent nahm er 12 Alben auf. Sein Album Duo Guitarinet wurde für den Preis Fryderyk 2000 nominiert. Sein letztes Album, A la carte, wurde mit dem Gitarristen Jakub Kościuszko aufgenommen und 2015 veröffentlicht. J.J.Bokun nahm auch für das Polnische Radio und Fernsehen, die Internationale Klarinettenvereinigung, die Plattenfirma Koch Classics und Dux auf. Im Jahr 2005 gründete er sein eigenes Plattenlabel JBRecords.

Jan Jakub Bokun ist ein sehr gefragter Lehrer, der zahlreiche Kurse und Meisterkurse am Königlichen Konservatorium in Brüssel, in Sofia, Belgrad, Prag, Paris, Brünn, Lubljana, Mexiko, Peking, Tokyo und Avila, Spanien, geleitet hat. Derzeit ist er in der Fakultät der Karol Lipiński Academy of Music in Wrocław.

Jan Jakub Bokun ist Präsident der polnischen Niederlassung der International Clarinet Association, Initiator und Art Director des Clarimania Festivals sowie Gründer und Dirigent des Kammerorchesters Inter>CAMERATA. Er ist Endorser für die Unternehmen - Yamaha, D'Addario und BG.